ה ההבדל העיקרי בין exome ו transcriptome הוא כי exome הוא הרצף השלם של כל האקסונים בגנים המקודדים לחלבון בגנום ואילו התמליל הוא אוסף מולקולות ה- RNA של שליח שמקורן בגנים המקודדים לחלבון. יתר על כן, exome מכסה 1-2% מרצף הגנום הכולל ואילו transcriptome מהווה פחות מ -4% מסך ה- RNA של התא.

Exome ו- transcriptome הם שני אוספים של רצפים בגנים המקודדים לחלבון בגנום. לשניהם יש יישומים שונים במחקרים גנומיים כמו גם באבחון מחלות.

אזורי מפתח מכוסים

1. מהו אקסום - הגדרה, עובדות, טכניקות 2. מהו Transcriptome - הגדרה, עובדות, טכניקות 3. מה הדמיון בין Exome ו- Transcriptome - מתווה של תכונות נפוצות 4. מה ההבדל בין Exome ו- Transcriptome - השוואה בין הבדלים מרכזיים

מושגי מפתח

אקסון, אקסום, mRNA, גנים לקידוד חלבונים, תמלול

מה זה אקסום

האקסום הוא אוסף האקסונים בגנים המקודדים לחלבון של הגנום של אורגניזם מסוים. רצף הקידוד של הגנום מקובץ לגנים, אותם ניתן לקודד לחלבונים או ל- RNA. בגנום הפרוקריוטי, רצף הקידוד אינו נקטע על ידי רצפים אחרים ואילו בגנום האוקריוטי, רצף הקידוד של הגן נקטע על ידי רצפים שאינם מקודדים הנקראים אינטרונים. מכאן שרצפי הקידוד המקובצים נקראים אקסונים.

איור 1: אקסונים ואינטרונים

בגנים המקודדים לחלבון, RNA פולימראז מתעתק אינטרונים כמו גם אקסונים לתוך ה- mRNA המבשר במהלך התעתיק. האינטרונים המשולבים מוסרים במהלך השינויים שלאחר התעתיק הבאים. הטכנולוגיה העיקרית המשמשת בחקר האקסום היא רצף האקסום כולו (WES). WES מעורב בהכלאה של ה- DNA המקוטע של גנום מסוים על מנת לזהות את רצפי ה- DNA היעד ואחריו רצף.

מהו Transcriptome

Transcriptome הוא הסט הכולל של mRNAs המתבטאים בתא. הוא מהווה פחות מ -4% מסך ה- RNA של התא. מאחר שתרשומה מציינת את הרכב הפרוטום, היא קובעת את היכולת הביוכימית של התא הספציפי הזה. כמו כן, לא ניתן לסנתז את התעתיק של תא מסוים והוא תמיד מגיע לתא הבת מתא ההורה במהלך חלוקת התא. לפיכך, שעתוק, שהוא תהליך ייצור RNA הוא השלב לתחזוקת התעתיק.

איור 2: תעתיק של תא פלוריפוטנטי

מצד שני, למרות שכל תא מכיל מידע לייצור כל התמלול של המין, הגנים המבטאים בתא תלויים גם בגורמים הסביבתיים. שתי הטכנולוגיות העיקריות המשמשות בחקר הטרנסקריפטומים הן מיקרו מערך ו- RNA-seq.

קווי דמיון בין Exome ו- Transcriptome

ההבדל בין Exome ו- Transcriptome

הַגדָרָה

אקסום מתייחס לחלק הגנום המורכב מאקסונים, המקודדים מידע לסינתזת חלבונים ואילו תמלול מתייחס לסכום הכולל של כל מולקולות ה- RNA השליח המתבטאות בגנים של אורגניזם. ההבדל העיקרי בין אקסום לטרנסקריפטום הוא אפוא מובן מאליו מהגדרה זו.

מַשְׁמָעוּת

לפיכך, האקסום הוא מכלול האקסונים בגנים המקודדים לחלבון ואילו הטרנסקריפטום הוא מכלול ה- mRNA המתבטא בתא.

DNA או RNA

כמו כן, האקסום מורכב מ- DNA ואילו הטרנסקריפטום מורכב מ- RNA.

כמות

Exome מייצג 1-2% מהגנום הכולל ואילו transcriptome מייצג פחות מ -4% מסך ה- RNA של התא.

רָמָה

הבדל נוסף בין אקסום לטרנסקריפטום הוא שהאקסום נמצא ברמה הגנומית בעוד שהתמלול נמצא ברמת התעתיק.

טכניקות

יתר על כן, רצף שלם exome הוא הטכניקה לקביעת exome בעוד microarray ו- RNA-seq לקבוע את transcriptome.

סיכום

האקסום הוא מכלול האקסונים בגנום שנקבע על ידי ה- WES של הגנום. מכאן שאקסום הוא מושג מבוסס DNA. אבל, transcriptome הוא מושג מבוסס RNA מכיוון שהוא מכלול ה- mRNA של התא. ההבדל העיקרי בין אקסום לטרנסקריפטום הוא הרעיון שלהם.

התייחסות:

1. וור, אמנדה ואח '. "רצף אקסום: פרספקטיבות עכשוויות ועתידיות." G3: גנים | גנום | גנטיקה 5.8 (2015): 1543–1550. PMC. אינטרנט. 6 בספטמבר 2018. זמין כאן 2. חום TA. גנום. מהדורה 2. אוקספורד: ווילי-ליס; 2002. פרק 3, תעתיק ופרוטומים. זמין פה

באדיבות התמונה:

1. "DNA exons introns" מאת המכון הלאומי לחקר הגנום האנושי-(תחום ציבורי) באמצעות Commons Wikimedia 2. "תעתיק התאים הפלוריפוטנטיים" מאת Grskovic, M. ו- Ramalho-Santos, M., The transplome pluripotent (10 באוקטובר, 2008), StemBook, עורך. הקהילה לחקר תאי גזע, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. -[1] DirectStemBook איור 2 התמלול של תאים פלוריפוטנטיים. גרסקוביץ ', מ' ורמאללו-סנטוס, מ ', התמלול הפלוריפוטנטי (10 באוקטובר 2008), StemBook, עורכת. הקהילה לחקר תאי גזע, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) באמצעות Commons Wikimedia