ההבדל העיקרי בין מיקרסאטלייט למיניסאטלייט הוא שהיחידה החוזרת של מיקרוסאטלייט מורכבת מ 2-6 זוגות בסיס ואילו היחידה החוזרת על המיניסאטלייט מורכבת מ 10-100 זוגות בסיס.