ה ההבדל העיקרי בין ג'ל אלקטרופורזה ל- SDS PAGE זה ג'ל אלקטרופורזה היא טכניקה המשמשת להפרדת DNA, RNA וחלבונים ואילו SDS PAGE היא סוג של ג'ל אלקטרופורזה המשמשת בעיקר להפרדת חלבונים. באופן כללי, SDS PAGE נותן רזולוציה טובה יותר מהאלקטרופורזה הג'לית הרגילה.

ג'ל אלקטרופורזה ו- SDS PAGE הן טכניקות בתחום הביוטכנולוגיה המסייעות בהפרדת מקרומולקולות על בסיס המטען והגודל. בדרך כלל, אלקטרופורזה של ג'ל משתמשת בדקירות ג'ל agarose להפרדה בעוד ש- SDS PAGE משתמש בדקירות ג'ל של polyacrylamide.

אזורי מפתח מכוסים

1. מהי ג'ל אלקטרופורזה - הגדרה, נוהל, חשיבות 2. מהו עמוד SDS - הגדרה, נוהל, חשיבות 3. מה הדמיון בין ג'ל אלקטרופורזה לדף SDS - מתווה של תכונות נפוצות 4. מה ההבדל בין ג'ל אלקטרופורזה לדף SDS - השוואה בין הבדלים מרכזיים

מונחי מפתח: Agarose, DNA, ג'ל אלקטרופורזה, פוליאקרילאמיד, חלבונים, עמוד SDS

מהי ג'ל אלקטרופורזה

ג'ל אלקטרופורזה היא טכניקה המפרידה בין שברי מקרומולקולות כגון DNA, RNA וחלבונים על סמך גודלם ומטען. במהלך אלקטרופורזה של ג'ל, מקרומולקולות נעות בהשפעת שדה חשמלי על מטריצת ג'ל, המכילה נקבוביות שדרכן המקרומולקולות נעות. ג'ל אלקטרופורזה היא הטכניקה הכללית המנתחת DNA מ- PCR, RFLP, שיבוט, רצף DNA או טכניקות סופג. חלקיקים ננו ניתן להפריד גם על ידי ג'ל אלקטרופורזה. דקירת הג'ל מוכנה מפוליסכריד הנקרא agarose שמקורו באצות. ג'לים של אגרוזה מורכבים ממולקולות אגרוז ארוכות שרשרת המקושרות כקורי עכביש. הסרטון 1 מתאר את ההכנה של ג'ל agarose.

הן ה- DNA והן ה- RNA מכילים קבוצות פוספט בכל אחד מהנוקלאוטיד המונומרי שלהם. מכאן שיש להם מטען שלילי שווה בכל המולקולה. יתר על כן, הם נודדים לכיוון האלקטרודה החיובית מתחת לשדה החשמלי. מהירות הנדידה תלויה בגודל חומצת הגרעין. מולקולות קצרות יותר נודדות מהר יותר דרך הנקבוביות בעוד שהגדולות יותר לוקחות זמן.

איור 1: להקות DNA על ג'ל אגרוזה

מהו עמוד SDS

SDS PAGE (נתרן dodecyl sulfate-polyacrylamide ג'ל אלקטרופורזה) היא טכניקה אנליטית המשמשת להפרדת מולקולות טעונות בהתבסס על הגודל. בתהליך זה, SDS משמש לבידוד חלבונים על ידי פירוקם. כמו SDS הוא חומר ניקוי; המבנה השלישי של החלבונים מופרע על ידו, ומוריד את החלבון המקופל למולקולה לינארית. כמו כן, הוא מצפה את אותה מולקולת חלבון לינארית עם מטען שלילי אחיד. SDS PAGE מורכב משני ג'לים בריכוזים שונים. השכבה העליונה נקראת ג'ל הערימה שאליו נטענים הדגימות ואילו השכבה התחתונה נקראת ג'ל הפתרון. ריכוז הפוליאקרילמיד של ג'ל הערימה הוא 3.5-4% (גודל נקבוביות גדול) והוא מרכז ריכוז חלבונים בפס אחד. ריכוז הפוליאקרילמיד בג'ל הפותר הוא 4-20% (גודל נקבוביות קטן) והוא מפריד חלבונים בהתאם לגודלם. הסרטון 2 מציג את הכנת דף SDS.

SDS PAGE מספק הפרדה מהירה של חלבונים, ומסייע לניתוח שלאחר מכן כגון סופג מערבי.

איור 2: להקות חלבון בדף SDS

מכיוון שכוח הפתרון של SDS PAGE גבוה יותר מג'ל אגרוז רגיל, SDS PAGE מסייע להפריד שברי DNA קטנים בגודל 5-500 bp.

קווי דמיון בין ג'ל אלקטרופורזה לדף SDS

ההבדל בין ג'ל אלקטרופורזה לדף SDS

הַגדָרָה

ג'ל אלקטרופורזה: טכניקה המשמשת להפרדת שברים של מקרומולקולות כגון DNA, RNA וחלבונים על בסיס גודלם ומטען

דף SDS: טכניקה אנליטית המשמשת להפרדת מולקולות טעונות על סמך הגודל

הרכב

ג'ל אלקטרופורזה: שווה לאורך כל הג'ל; מורכב מאגרוז

דף SDS: שני ג'לים בריכוזים שונים; מורכב מפוליאקרילאמיד

הפעל תצורה

ג'ל אלקטרופורזה: ריצה אופקית

דף SDS: ריצה אנכית

מתודולוגיית יציקה

ג'ל אלקטרופורזה: נקבע כשהוא מתקרר

דף SDS: נקבע על ידי תגובה כימית

גודל הנקבוביות

ג'ל אלקטרופורזה: גודל הנקבוביות אינו אחיד; ריכוז agarose גבוה יותר, גודל הנקבוביות קטן יותר

דף SDS: גודל הנקבוביות אחיד; היחס בין אקרילאמיד לבי-אקרילאמיד קובע את גודל הנקבוביות

ריכוז

ג'ל אלקטרופורזה: 0.5-2%

דף SDS: 6-15%

הַפרָדָה

ג'ל אלקטרופורזה: 50-20, 000 bp חומצות גרעין

דף SDS: 5-250, 000 חלבוני דא

תנאים

ג'ל אלקטרופורזה: בדרך כלל מופעל בתנאים מקומיים

דף SDS: תנאי הרתעה

הכנה

ג'ל אלקטרופורזה: פָּשׁוּט

דף SDS: תהליך מורכב

הַכתָמָה

ג'ל אלקטרופורזה: עם אתידיום ברומיד

דף SDS: כתמת קומומסי או כתמת כסף

סיכום

אלקטרופורזה של ג'ל היא טכניקה אנליטית המפרידה בין מקרו -מולקולות כגון DNA, RNA וחלבונים בהתבסס על גודלם. SDS PAGE הוא סוג של ג'ל אלקטרופורזה המשמשת בעיקר להפרדת חלבונים בתנאי denaturing. ל- SDS PAGE יש כוח פתרון גבוה יותר בהשוואה לאלקטרופורזה רגילה של ג'ל. ההבדל העיקרי בין ג'ל אלקטרופורזה ל- SDS PAGE הוא סוג המקרומולקולות המופרדות וההליך שלהן.

התייחסות:

1. "ג'ל אלקטרופורזה". אקדמיית חאן, זמינה כאן 2. "אלקטרופורזה של ג'ל פוליאקרילמיד ג'ל (SDS-PAGE)." מכון דיאמנטינה, 26 באפריל 2017, זמין כאן

באדיבות התמונה:

1. "ג'ל אלקטרופורזה 2" פון מנולף-התמונה צולמה באינסברוק, אוסטריה (CC BY-SA 3.0) באמצעות Commons Wikimedia 2. "Coomassie3" מאת Yikrazuul-יצירה משלה (CC BY-SA 3.0) באמצעות Commons Wikimedia